Скауты «Лацио» заметили Несту на одном из детских турниров, проходящем в Сан-Базилио; с восьмилетнего возраста Алессандро играл за римский клуб "Чинечитта", к руководству которого и обращались представители обеих больших столичных команд с просьбой продать им юного таланта. И руководство это, представляющее из себя в основном тренеров команды, едва ли не умоляли молодого защитника согласиться на переход, суливший "Чинечитте" что-то около десяти тысяч долларов. "Если и переходить, - говорил Неста, - то только в "Лацио", а реальные условия усерднее предлагала «Рома». "К тому же, - вспоминает футболист, - от такой сделки моим родителям не перепало бы ни лиры". Вскоре всё же состоялся долгожданный альянс с "Лацио", за который болело семейство Алессандро.

Официально карьера Несты в "Лацио" началась в 92-м году, молодому защитнику тогда было лишь 16, поэтому, видимо, премьерный сезон в Серии А и выдался не очень успешным - 0 голов, 0 матчей. В 18 лет Алессандро на тренировке сломал ногу своему тогдашнему одноклубнику Полу Гаскойну. Впоследствие защитник скажет, что всякий раз, идя сопернику наперехват, он вспоминает лицо Пола. Дебют в итальянском чемпионате состоялся в матче с «Удинезе» в сезоне 94-95, когда команду тренировал Дино Дзофф. Однако реально заиграть удалось уже при Зденеке Земане. Команда играла откровенно плохо, однако в том же сезоне Несте удалось заиграть за молодежную сборную Италии. В ее составе Алессандро стал чемпионом Европы, завоевав свой первый профессиональный трофей. Место Земана вновь занимает Дзофф, а Неста является уже основным игроком в клубе, напрямую поучаствовав в грандиозном подъеме "Лацио" конца 90-х годов. В подъеме, начавшемся после прихода на тренерский пост шведа Эрикссона. Команда становится второй в Италии в 99-м году, лишь на финише чемпионата уступив золото "Милану", и, наконец, становится первой в сезоне следующем. Плюс к этому "Лацио" дважды выигрывет кубок страны, и, всё в том же 99-м, завоевывает Кубок Кубков - Неста стал последним капитаном, поднявшим над головой этот трофей.

В отборочной кампании на Чемпионат Мира 98-го года защитник впервые удостоился вызова в национальную сборную, дебютировав в ней в Кишинёве в матче против команды Молдавии. Неста в составе итальянской сборной поехал на чемпионат, однако в матче с Австрией получил серьезную травму. На этом для него турнир был закончен, совсем скоро завершился он и для Италии. На Чемпионате Европы через два года Неста был ключевым игроком. Наряду с Тольдо и Каннаваро, он провел блестяще все матчи чемпионата, и стал одной из главных составляющих успеха команды. Команды, которая вновь не выиграла.

Вскоре политика президента "Лацио" Серджио Краньотти начала приводить к спаду команды. Ориентируясь всё больше на экономические выгоды, руководство клуба принимает решение о расставании с Недведом и Вероном, Вьери и Креспо, Саласом и Консейсао. Команда не начала резкое падение, были приобретены Стам, Фьоре, Корради, амбиции "Лацио" продолжали оставаться на высоте, но результаты ожидаемо ухудшались. А Неста продолжал оправдывать свое прозвище "Синьор Надежность".

Его звездный статус усугублялся от сезона к сезону; в СМИ всё чаще появлялись сравнения Алессандро с Франческо Тотти - молодым доморощенным капитаном другой римской команды - "Ромы". Как оказалось, пристрастия столичных капитанов во многом схожи: оба обожают Альберто Сорди и его фильмы, из еды оба предпочитают гнокки - маленькие итальянские клецки. Наконец, оба являются настоящими идолами для болельщиков. Кардинальная разница обнаружилась лишь в том, что Тотти так и остался верным "Роме", а Неста "Лацио" покинул.

В 2002 году Неста был куплен «Миланом». Игрок сразу закрепился в составе. Неста отлично сыгрался с Паоло Мальдини, и постоянно выходил в стартовом составе. За это время Неста стал одним из самых лучших зашитников в мире. В сезонах 2002/2003 и 2006/2007 он в составе «Милана» выиграл кубок Лиги Чемпионов УЕФА.

16 декабря 2007 в финальном матче межконтинентального кубка против Boca Juniors, Неста забил важный гол 2-1 (матч закончился со счетом 4-2).